インボイス制度における免税事業者からの仕入税額控除経過措置の全体スケジュール
2023年10月にスタートしたインボイス制度（適格請求書等保存方式）では、適格請求書発行事業者以外の者（免税事業者等）からの課税仕入れについて、即座に仕入税額控除をゼロにするのではなく、段階的に控除割合を引き下げる経過措置が設けられています。
この経過措置は、令和8年度税制改正により適用期限が2年間延長されたうえで控除可能割合が「7割・5割・3割」に見直されました。制度開始からの最初の3年間（2023年10月1日〜2026年9月30日）は「80％控除」、令和8年10月からは「70％控除」が2年間（令和8年10月〜令和10年9月）、続いて「50％控除」が2年間（令和10年10月〜令和12年9月）、「30％控除」が1年間（令和12年10月〜令和13年9月）と段階的に縮小し、令和13年10月以降は控除できなくなります。
| 期間 | 免税事業者等からの課税仕入れの控除割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日 | 仕入税額相当額の80％ |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日（令和8年10月〜令和10年9月） | 仕入税額相当額の70％ |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日（令和10年10月〜令和12年9月） | 仕入税額相当額の50％ |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日（令和12年10月〜令和13年9月） | 仕入税額相当額の30％ |
| 2031年10月1日（令和13年10月）以後 | 経過措置の適用なし（控除不可） |
本記事では、2026年10月からの仕入税額控除率変更（80%から70%への移行）に伴う経理実務の変更点、帳簿記載要件、会計ソフトの税区分設定の注意点を、国税庁の公表資料に沿って整理する。
当初の税制度設計では80%→50%→0%というステップが予定されていましたが、中小事業者の激変緩和の観点から中間ステップとして70%控除期間が追加・再編された経緯があります。
2026年10月1日改定：仕入税額控除率80%から70%への変更点と影響額シミュレーション
2026年10月1日以降の取引より、免税事業者からの仕入れに係る仕入税額控除率が従来の80％から70％へと引き下げられます。
例えば、免税事業者に対して110万円（本体100万円＋消費税相当額10万円）の支払を行った場合、2026年9月までは「8万円（10万円×80%）」を仕入税額控除できましたが、2026年10月以降は「7万円（10万円×70%）」しか控除できなくなります。
差額の3万円（従来は2万円）は事業者のコスト負担（雑損失や租税公課などの控除不能消費税額）となるため、利益率への影響をあらかじめ試算しておく必要があります。
年間で数千万円規模の免税事業者発注が存在する建設業、ITシステム受託開発業、各種デザイン・ライティング等の外注依存度が高い企業においては、数百万単位の純利益の減少要因となる。
経過措置適用を受けるための帳簿および請求書等の記載要件
免税事業者からの課税仕入れについて経過措置（80%・70%控除）の適用を受けるためには、通常の帳簿記載事項に加えて特定の記載を行うことが義務付けられています。
具体的には、帳簿の摘要欄等に「80%控除対象」「70%控除対象」または「区分記載化」といった経過措置の対象である旨を明記する必要があります。
会計ソフトを利用している場合は、「免税仕入80%」「免税仕入70%」といった専用の税区分を選択して仕訳を登録することで、消費税申告書へ自動的に正しい金額が集計される仕組みになっています。
2026年10月の改定前後で跨ぐ継続的役務提供取引（例：9月25日〜10月24日の月またぎの保守費用請求など）については、役務提供完了日または契約上の支払期日に基づいて適用税区分（80%か70%か）を厳格に判定しなければなりません。
あわせて確認: 簡易課税制度の事業区分とみなし仕入率
免税事業者との取引価格交渉・適格登録要請における独禁法・下請法上の留意点
控除率の引き下げに伴い、発注事業者側が免税事業者に対して適格請求書発行事業者への登録を求めたり、取引価格の値下げ交渉を行う機会が増加することが予想されます。
公正取引委員会および中小企業庁のガイドラインに基づき、一方的な価格打診や登録の強要、応じない場合の取引停止などは、独占禁止法上の「優越的地位の乱用」や下請法違反となるリスクがあります。
価格交渉にあたっては、仕入税額控除制限による自社のコスト増加分と相手方の税負担増を考慮し、双方が納得できる合理的・客観的な理由に基づいて協議を行うことが極めて重要です。
自社の一方的な都合による値引き要請ではなく、免税事業者がインボイス登録を行った場合の税負担増加分を一部補填するような価格改定交渉など、双務的な対話が求められます。
あわせて確認: 消費税の計算方法（原則課税と簡易課税）
決算時の控除不能消費税額（雑損失・租税公課）の処理と法人税実務
経過措置により控除できなかった消費税額（全体の30％相当額）は、法人税・所得税の計算において損金（経費）として処理されます。
税込経理方式を採用している事業者の場合は、仕入高や経費の額に最初から含まれるため特別な処理は不要です。
一方、税抜経理方式を採用している事業者の場合は、期末の消費税清算仕訳において仕入控除できなかった金額を「雑損失」や「控除対象外消費税等」として費用計上する処理が必要となります。
資産に係る控除対象外消費税等が発生した場合には、一括で費用化できる基準（200万円未満等）と、繰延資産として5年間で償却しなければならない基準が存在するため、決算時の法人税別表調整で確認してください。
あわせて確認: インボイス発行事業者の登録手続き
実務Q&A：インボイス経過措置スケジュールに関するFAQ
Q1: 2026年10月の控除率変更に向けて、会計ソフトの設定変更は必要ですか？
A: 主要な会計SaaS（freee, マネーフォワード, 弥生等）ではアップデートにより自動で70%控除税区分が追加されますが、手動入力時の税区分選択誤りを防ぐための事前社内研修が必要です。
Q2: 免税事業者からの仕入れであっても1万円未満の少額取引なら全額控除できますか？
A: 基準期間の課税売上高が1億円以下の事業者に適用される「少額特例（1万円未満の仕入税額控除特例）」の適用期間中であれば、免税事業者からの仕入れであってもインボイス不要で全額控除可能です。
※ 実務における経理システムの選定および比較ポイントは、会計SaaS徹底比較ガイド（bizkeiri）で詳しく解説しています。
あわせて確認: インボイス制度の基礎
まとめ：2026年10月改定に向けた事前準備チェックリスト
2026年10月からの控除率70％移行は、経理システムの設定変更だけでなく、取引先の免税事業者比率の把握、コスト影響の把握など多岐にわたる準備が必要です。
本ガイドの手順に従って自社の仕入構造を再点検し、新運用へスムーズに移行できるよう準備を進めてください。
控除限度額の見直し（1億円超の部分は経過措置の対象外）
令和8年度税制改正では、控除可能割合の見直しとあわせて控除限度額が設けられました。一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れの額の合計額が、その年またはその事業年度で1億円（改正前：10億円）を超える場合、その超えた部分の課税仕入れについては本経過措置を適用できません。
この控除限度額の見直しは、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。控除割合そのものの切り替わり（令和8年10月）とは適用の起点が異なるため、3月決算法人など課税期間が暦年と一致しない場合は、両者の適用時期がずれる点に留意してください。
関連する制度解説
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